Mont Saint-Michel stanowiło kiedyś część lądu – skalistą odkrywkę wśród bagien. W czasach rzymskich nazwano ją Mont Tombe ( Wzgórze Mogiła), była wykorzystywana przez Celtów jako miejsce pochówku. Druidzi czcili tam Słońce, zwyczaj ten kontynuowali Rzymianie, oddający cześć bogu słońca Mitrze.


Spokój i odosobnienie wyspy zwróciły uwagę grupy mnichów, którzy zbudowali tam kaplicę i aż do 708 r. byli jej jedynymi mieszkańcami. W roku tym biskup Avranches Aubert miał trzy objawienia św. Michała Archanioła, który nakazał budowę kościoła ku Jego czci. W tym samym roku rozpoczęła się budowa kaplicy na Mont Tombe, a nazwę wyspy zmieniono na Mont Saint-Michel.


W 966 r. na jej wierzchołku utworzono opactwo benedyktyńskie dla 50 mnichów.


W 1020 r. rozpoczęto pracę nad kościołem, który stoi na szczycie skały. Prace nad budowlą trwały ponad 100 lat z uwagi na ukształtowanie terenu.


Lata mijały i liczba zakonników spadała i gdy w czasie rewolucji francuskiej klasztor został rozwiązany, mieszkało w nim tylko 7 mnichów.


Podczas panowania Napoleona zmieniono nazwę wyspy na Ile de la Libertè (pol. – Wyspa Wolności) i przekształcono ją w więzienie, którym była aż do 1863 r. w którym uznano ją za pomnik narodowy.